2001 年 9 月，选举产生了第三届理事会 , 原水利部副部长朱登铨担任第三届理事会会长 。

        第三届理事会产生后 , 在机构设置 、会员发展和业务开拓等方面 进行了调整 。

        会员发展方面突破了原有限制 : 一是突破所有制限制 , 允许各种所有制的企事业单位加 入协会 ; 二是突破行业和系统限制 , 鼓励任何与水利相关的企事业单位加入协会 。 在两个突破的激励 下会员队伍迅速发展 。根据水利部党组的要求 , 社团必须要挂靠司局或有行政职能的事业单位 。协会成立之初挂靠在水利部综合开发管理中心 , 水利事业单位体制改革后挂靠水利部综合事业局 , 业务主管司局为水利部经济调节司 。协会独立设置办事机构 , 独立开展各项活动 。

       第三届理事会自 2001 年 9 月 ~2005 年 9 月 。

       第三届理事会领导班子 、分支机构及内设机构 

       ( 一 ) 领导班子 

       ( 二 ) 分支机构 

       分支机构如下 : 地方电力分会 、机械分会 、灌排企业分会 、受部委托 、代管中国灌区协会 、 中国水利水电勘测设计协会 。

       ( 三 ) 内设机构 

       内设机构有 : 办公室 、研究部 、培训咨询部 、 国际合作部